甲型H1N1流感的潜伏期，较流感、禽流感潜伏期长，潜伏期时长1~7天。 部分患者病情可迅速发展，来势凶猛、突然高热、体温超过38℃，甚至继发严重肺炎、急性呼吸窘迫综合症、肺出血、胸腔积液、全身血细胞减少、肾功能衰竭、败血症、休克及Reye综合症、呼吸衰竭及多器官损伤，导致死亡。患者原有的基础疾病亦可加重。

甲型H1N1流感的群间传播主要是以感染者的咳嗽和喷嚏为媒介，在人群密集的环境中更容易发生感染，而越来越多证据显示，微量病毒可留存在桌面、电话机或其它平面上，再通过手指与眼、鼻、口的接触来传播。因此，尽量不要与他人身体接触，包括握手、亲吻、共餐等。如果接触带有甲型H1N1流感病毒的物品，而后又触碰自己的鼻子和口腔，也会受到感染。感染者有可能在出现症状前感染其他人，感染后一般在一周、或一周多后发病。小孩的传染性会久一些。